联盟设立理事会，为联盟最高权力机构。理事会成员由联盟各成员单位相关负责人组成。理事长由重庆交通大学与渝新欧（重庆）物流有限公司轮值担任，任期1年，首任理事长为重庆交通大学副校长黄承锋教授。

（重庆交通大学副校长黄承锋教授）

理事会下设秘书处，设在重庆交通大学。秘书处为联盟常设办事机构，设秘书长1名，副秘书长1名，秘书处成员由各联盟成员单位相关工作人员组成。首任秘书长由重庆交通大学国际教育学院院长余元玲担任。